Nach dem Tod seines Vaters sorgt der 15jährige Johann Jakob Naef (1815-1888) mit einem eigenen Handwebbetrieb in Dicken bei Degersheim für seine Familie. Dazu baut er eine Ferggerei für Musselin und Buntweberei auf. Das maschinell gesponnene Garn dazu bezieht er anfänglich aus England, später von Spinnereien aus dem Kanton Zürich. Wegen der Konkurrenz durch billige, mechanisch gewobene Musseline aus England stellt Naef von der Handweberei zur Handmaschinenstickerei um und baut in Dicken eine kleine Fabrik auf. Wegen der guten Auftragslage in Amerika errichtet Naef nach 1865 in Rickenbach/Wil eine zweite Fabrik. 1873 verlegt er seine Geschäftsstelle nach St. Gallen. 1886 eröffnete er eine weitere Firma in Flawil. Nach seinem Tod 1888 führen seine Söhne das Unternehmen als Naef Frères weiter. Nach dem Tod seiner Brüder leitet Albert Naef-Baumann (1859-1917) die unterdessen international florierende Firma alleine. Grosser Erfolg erzielt er mit der auf der Handstickmaschine imitierten Appenzeller Handstickerei. Nach 1905 führt er die mit mechanischem Antrieb und mit Bohr-, Feston-, Stüpfel- und Schnürliapparate versehene Schifflistickmaschine ein. Hauptsächliche Abnehmer der Stickereien sind bis zum Sommer 1914 Nord- und Südamerika, Australien, Spanien, England sowie das restliche Europa bis nach Russland. Die Firma übersteht die Krisen der Zwischenkriegszeit und den Zweiten Weltkrieg. Nach der Übernahme durch die St.Galler Firma Ed. Sturzenegger 1960 erlebt der Betrieb neuen Aufschwung. Zu ihren Kunden zählen international renommierte Modeschöpfer. 1989 fusioniert die Firma mit dem Unternehmen Hans Nüesch AG Heerbrugg. Drei Jahre später wird die gesamte Produktion nach Heerbrugg verlegt und der Handelsregistereintrag A. Naef AG gelöscht.